Rios
O rio Kunene flui do Planalto de Angola em direcção ao sul. Chegando à Namíbia, o rio flui em direcção ao ocidente formando a fronteira entre os dois países até alcançar o Oceano Atlântico onde forma a Foz do Rio Kunene.
Os terrenos na secção superior da bacia em Angola são relativamente íngremes, enquanto a secção média forma habitats de planícies de inundação. Ao longo da fronteira entre Angola e Namíbia, o rio é caracterizado por um canal íngreme e estreito com fluxos rápidos e inúmeras corredeiras.

Perfil de elevação ao longo do rio Kunene.
Fonte: AHT GROUP AG 2010
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O rio Kunene é um dos poucos rios permanentes nesta região. Tem cerca de 1 000 quilómetros de comprimento, drena uma área de 107 000 km² e tem um fluxo médio anual na sua foz de 5 500 Mm³. O volume da água é principalmente determinado pelo volume da precipitação no curso superior da bacia. Daqui as águas fluem do Planalto Central de Angola para o rio Kunene e seus tributários. Estes são:
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Rio Que,
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Rio Kalonga,
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Rio Chitanda,
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Rio Mucope, e
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Rio Kaculuvar.
A vegetação ribeirinha é verde, particularmente em contraste com o ambiente árido circundante no percurso inferior do rio Kunene, e a avifauna é rica.
Onde o rio faz fronteira entre Angola e Namíbia, este flui através de áreas secas e não possui tributários permanentes. O rio Otjindjangi é um tributário efémero (de água temporária) no Kaokoveld. O Kunene alcança finalmente o norte do deserto do Namibe, um dos locais mais secos da Terra, onde flui através de dunas de areia para o oceano.
Zonas Húmidas
Existem habitats de planícies de inundação ao longo do curso médio do rio Kunene em Angola, mas não no curso inferior ao longo da fronteira.
Para mais informação consulte a secção sobre Zonas Húmidas.
 O Kunene visto de cima, Kaokoland. Fonte: © Ostby 2007 www.pgoimages.com ( clique para ampliar )
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 Habitat ribeirinho na bacia do Kunene. Fonte: Khayat 2008 ( clique para ampliar )
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Lagos
Não há um número significativo de lagos permanentes na bacia do rio Kunene, mas pode ser encontrado um número significativo de barragens de armazenamento, com várias finalidades, incluindo estruturas de retenção de água para fins de irrigação. Desde 1950 foram construídas várias Barragens de grande dimensão ao longo do rio. Estas são:
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Barragem do Gove;
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Açude da Matala;
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Açudo do Calueque; e
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Açude do Ruacaná.
A estação hidroeléctrica de Ruacaná localiza-se na Namíbia.
A 170 km a jusante de Ruacaná, encontra-se o local previsto para o Projecto da Hidroeléctrica de Baynes. Se o projecto for realizado, será criado um reservatório com uma área de, quando cheio, quase 58 km².
Estuários
A foz do Kunene forma um estuário, de onde as águas do rio entram no Atlântico. É uma área remota e isolada com um índice de biodiversidade extremamente alto incluindo inúmeras espécies de pássaros aquáticos. Em tempos de vazão baixa do rio, o habitat fica reduzido a apenas 125 ha e pequenas ilhas e faixas de vegetação ribeirinha ao longo das margens. A foz do rio Kunene é uma área de paragem e alimentação que apoia os pássaros migratórios e é reconhecida como uma Área Importante de Avifauna.
A zona húmida costeira da Foz do Rio Kunene situa-se entre o Parque Nacional do Iona em Angola e o Skeleton Coast Park (Parque Nacional da Costa dos Esqueletos) na Namíbia.