Os organismos aquáticos podem ser classificados em quatro grupos importantes, variando em características biológicas, habitats e adaptação, contudo ligados em redes complexas de papéis e relações ecológicas:
Os ecossistemas aquáticos de um sistema fluvial compreendem geralmente peixes, invertebrados aquáticos, plantas ripárias e componentes de micro-organismos. As questões chave relacionadas com o habitat aquático e a vegetação ripária estão descritas abaixo, em termos de controladores do sistema e respostas do habitat aos elementos de pressão.
