As principais ameaças ao ecossistema na bacia do rio Kunene variam entre as diferentes eco-regiões.
Geralmente, grandes áreas da região são escassamente povoadas. A fragmentação e modificação de habitats através de assentamentos e actividades agrícolas são relativamente limitadas. Consequentemente, os impactos humanos para a biodiversidade são baixos no presente momento. Isto pode mudar no futuro se o número de agricultores ou das suas fazendas aumentar ou se empresas mineiras explorarem a área. Uma vez que a ecologia regional não tem sido bem estudada, o impacto real não é claro neste momento. Isto deixa espaço para a realização de estudos futuros.
A consequência da guerra civil angolana é uma das maiores causas da destruição da biodiversidade em toda a região. Este conflito levou à falta de segurança, crise económica, falta de infra-estruturas e serviços básicos, bem como a um deslocamento extremo de populações rurais.
Desflorestação para a preparação de terra arável no curso superior da bacia do Kunene.
Fonte: Tump 2008
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As principais ameaças existentes à biodiversidade são:
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Retorno dos deslocados de guerra às suas zonas rurais e de cultivo. Invasão da agricultura de subsistência nas florestas férteis da escarpa angolana no curso superior do Kunene.
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Corte e colheita de produtos florestaisé uma grande ameaça às áreas de floresta no curso médio e superior do Kunene.
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Controlo do fluxo através de Barragens tem um impacto negativo na biodiversidade.
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A caça (para subsistência ou troféus) é contínua e quase incontrolável em algumas regiões de Angola, incluindo em áreas protegidas. A insegurança que esta situação representa prejudica a gestão das áreas protegidas e a prevenção da caça ilegal.
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Espécies exóticas invasoras desconhecidas podem contribuir para a extinção das espécies endémicas.
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Limites de parques, fronteiras internacionais e assentamentos humanos, particularmente ao longo do rio, bloqueiam as rotas anuais de migração dos animais.
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O tráfico transfronteiriço de produtos de vida selvagem em áreas onde os níveis de segurança são baixos, é uma grande preocupação para a gestão da vida selvagem e sua protecção.
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A condução fora da estradaameaça o ambiente sensível nas partes desérticas do curso inferior da bacia do Kunene (Kaokoveld).
