A gestão dos recursos hídricos tem sido tradicionalmente centrada na água de superfície e na água subterrânea como se estas fossem duas entidades separadas, mas quase todas as características da água superficial (rios, lagos, reservatórios, zonas húmidas e estuários) interagem com a água subterrânea. A retirada da água ou a poluição de um destes recursos hídricos pode claramente afectar a outra. Deste modo, uma gestão efectiva dos recursos hídricos requer uma compreensão clara das ligações entre a água subterrânea e superficial (Colvin et al. 2007).
No Médio Kunene, por exemplo, a água subterrânea pode brotar na superfície terrestre ou então a água superficial pode infiltrar-se na terra. No Baixo Kunene, os cursos de água sazonais (efémeros) também funcionam como aquíferos subterrâneos, sendo deste modo elementos importantes na paisagem mesmo quando não disponham de água. Estes rios efémeros são sistemas “influentes”, o que significa que os lençóis freáticos são alimentados pelo rio, ao invés do lençol freático alto que age como fonte do rio, tal como no caso dos rios “efluentes” (ver aqui para maior explicação sobre este fenómeno).

Furo artesiano.
Fonte: GTZ 2008
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Ecossistemas Dependentes de Aquíferos
Os ecossistemas dependentes de aquíferos ocorrem em áreas onde a água subterrânea influencia os padrões e processos ecológicos. Estes são ecossistemas que requerem água subterrânea dos aquíferos para sustentar parte do seu ciclo de vida e para manter um habitat ou a qualidade da água que contrasta com os ecossistemas circundantes (Colvin et al. 2007).
A natureza da interacção entre a água subterrânea e o ecossistema ainda não foi estabelecida com segurança e o nível de dependência das zonas húmidas tais como das planícies de inundação e bacias salinas no Baixo Kunene e outros ecossistemas, não é conhecido (SADC 2010).