A qualidade da água geralmente se deteriora ao longo do curso do rio. Contudo, a qualidade de água do rio Kunene, desde a nascente até a foz é relativamente despoluída e é por isso considerada como sendo de boa qualidade (ERM 2009). Isto deve-se à limitada influência antrópica provindo da agricultura, indústria, mineração e de áreas urbanas. Contudo, Angola tem aumentado os esforços para a exploração do seu enorme potencial em recursos naturais. O desenvolvimento rápido de alguns sectores bem como a sua fraca gestão podem ser vistos como não sustentáveis e representam uma causa de preocupação sobre o futuro da qualidade da água dos rios e aquíferos.
O sistema do curso superior do rio Kunene fornece geralmente água de muito boa qualidade, mas devido a um número relativamente alto de densidade populacional, particularmente na zona do Huambo, o risco da poluição da água de fontes domésticas é maior do que em outra parte qualquer da bacia. Mais a jusante, efluentes da agricultura de irrigação vão enriquecendo a água com nutrientes e outros agro-químicos. Graças aos efeitos de filtração natural nas vastas zonas húmidas no Médio Kunene (a norte da barragem do Calueque), e graças à escassa densidade populacional no curso inferior do rio Kunene na fronteira com a Namíbia, a qualidade da água do rio continua a ser boa até alcançar o atlântico.
Em áreas onde há um potencial para impactos antrópicos no rio Kunene, os aspectos chave para a monitorização da qualidade da água são:
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Eutrofização;
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Organismos microbiológicos e agentes patogénicos transmitidos pela água;
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Metais pesados;
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Poluentes orgânicos persistentes (POPs); e em menor medida
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Alterações na temperatura através do armazenamento de água em grandes reservatórios.
Este capítulo dará mais ênfase aos impactos humanos na qualidade da água com particular atenção para:

Os impactos antrópicos podem alterar a qualidade da água e finalmente ecossistemas inteiros.
Fonte: Vogel 2003
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