A qualidade da água superficial recebe atenção significativa, uma vez que os impactos sobre esta são visualmente mais óbvios e a cadeia das causas que levam à redução da qualidade da água é normalmente clara. Contudo, a qualidade da água subterrânea é igualmente importante, uma vez que com frequência esta alimenta directamente os corpos de água à superfície e é igualmente uma importante fonte de água potável.
Uma das fontes primárias de poluição da água subterrânea nas áreas urbanas é a infiltração através de latrinas secas em zonas de saneamento básico ou da rede dos esgotos quando esta se encontra em estado de degradação. A falta de manutenção da infra-estrutura de saneamento pode permitir que os efluentes contaminem a água. Em adição, a agricultura (irrigação de culturas e gado) pode degradar a qualidade da água subterrânea, por exemplo por nitratos inorgânicos de fertilizantes que contenham nitrato de potássio e amónio. Outros poluentes de água subterrânea incluem herbicidas e pesticidas.
Monitorização da água subterrânea, Namíbia.
Fonte: GTZ 2008
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De igual modo, a qualidade da água subterrânea pode ser influenciada pela mineralogia das rochas através das quais a água flui (DWAF 2004b). Determinadas formações de rochas podem aumentar o nível dos sólidos dissolvidos totais (SDT ou TDS) na água subterrânea até a um ponto em que esta deixa de ser potável sem tratamento, o qual pode não ser economicamente viável. A decisão relativa ao tratamento depende da proximidade de fontes alternativas de água subterrânea ou superficial.
Os seguintes factores chave resumem as fontes potenciais da poluição da água subterrânea na bacia do rio Kunene.
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A infiltração das latrinas secas em zonas de saneamento básico e densidade populacional;
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Uso de agro-químicos tais como fertilizantes e pesticidas na agricultura de irrigação e de sequeiro;
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Drenagem de água contaminada de áreas de indústria e mineração; bem como
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Intrusão de água salgada devido a sobreexploração de água subterrânea em zonas costeiras.
Embora os sectores mineiro e agrícola não tenham de momento um impacto negativo na qualidade da água subterrânea, os grandes planos para o desenvolvimento destes dois sectores são motivo de preocupação com a qualidade futura da água subterrânea.
