A contaminação através de metais pode tornar a água tóxica tanto para as biotas aquáticas como para os humanos. A toxicidade depende do tipo de metal, das interacções químicas do metal com outros metais e da presença de compostos orgânicos, os quais podem aumentar a disponibilidade e proliferaçãodos metais tóxicos. Outros factores que influenciam o nível da toxicidade num determinado ambiente incluem: a taxa do fluxo e volume da água, a composição física de sedimentos, a temperatura da água, o teor de pH e a salinidade (Davies and Day 1998).
Efluentes de minas de metais devem ser contidos em corpos de água hidro-geológicamente isolados.
Fonte: Vogel 2005
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Os metais pesados incluem o cádmio, cobre, níquel, zinco, crómio, arsénico, mercúrio, chumbo, etc. Estes metais são persistentes no ambiente e podem ser bio-acumulados por organismos aquáticos. As principais fontes potenciais de poluição por metais no rio Kunene são indústrias e minas, através de descargas directas de efluentes, da infiltração difusa, e do escoamento pluvial em áreas poluídas e lixeiras. Devido à falta de análises químicas relacionadas com a qualidade de água dentro da bacia do rio Kunene, podem ser feitas apenas suposições com base em desenvolvimentos recentes no sector da indústria e mineração.
Embora o potencial actual de poluição através de metais pesados seja baixo, é muito provável que a indústria em rápida expansão bem como o sector de mineração levem a um aumento futuro da poluição da água. A contaminação através de metais pesados pode provir igualmente do escoamento pluvial nas ruas urbanas, áreas de parqueamento e outras superfícies impenetráveis, acabando directamente no rio. De igual modo, os metais tóxicos estão associados com alguns tipos de pesticidas (Heath and Claasen 1999).
