As características biológicas da água são usadas para descrever a presença de organismos microbiológicos e elementos patogénicos transmitidos pela água. Muitos organismos podem causar doenças quando consumidos directamente por humanos e animais. Os microrganismos e elementos patogénicos geralmente penetram nos rios e lagos por falta de sistemas de saneamento ou por via de esgotos não tratados ou parcialmente tratados.
Dentro da bacia do rio Kunene, não existem estações de tratamento de águas residuais e há neste caso um grande risco potencial de contaminação fecal dos recursos hídricos.

A giardia lamblia é um protozoário, muitas vezes encontrado em águas não tratadas, que pode causar diarreia.
Fonte: Carr 2006
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O alcance de um padrão de qualidade da água que não prejudique os organismos aquáticos e que seja seguro para o consumo humano ainda constitui um desafio na maior parte da bacia. Isto é particularmente verdade nas zonas rurais (e.g., Momba et al. 2006, Hodgson e Manus 2006). As doenças transmitidas pela água, tais como a disenteria, cólera, febre tifóide, gastroenterite e hepatites são a causa primária de doenças e da precariedade da saúde na região da SADC (SADC 2009). A bilharziose e malária são outras doenças transmitidas indirectamente através da água e que persistem na região da SADC. A água contaminada com coliformes fecais e pela bactéria Escherichia coli, quando utilizada para o banho e para beber constitui uma via principal de infecções.
Os valores representativos para a determinação dos parâmetros da qualidade da água não poluída e poluída estão indicados na tabela abaixo:
Valores representativos dos parâmetros de qualidade da água
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Parâmetros
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Unidades
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Água natural
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Água poluída
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pH
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-
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6,5 – 8
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4 – 10
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TSD
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g/m3
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200
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2000
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Cl-
|
g/m3
|
50
|
600
|
Fe
|
g/m3
|
0,1
|
3
|
Mn
|
g/m3
|
0,05
|
1
|
EC
|
mS/cm
|
0,3
|
3
|
BOD
|
g/m3
|
2
|
10
|
COD
|
g/m3
|
10
|
80
|
DO/DOS
|
-
|
1
|
0,3
|
Amoníaco-N
|
g/m3
|
0,1
|
2,5
|
Nitrato-N
|
g/m3
|
4
|
100
|